Harris xác nhận mình là người đồng tính vào tháng 11 năm 2006.[26]

Harris đến dự Giải Emmy tháng 9 năm 2007 cùng hôn phu của mình - David Burtka, sau đó xác nhận mối quan hệ của hai người. Anh tiết lộ mối quan hệ này bắt đầu từ năm 2004, trong lần phỏng vấn trong chương trình "The Ellen DeGeneres Show".[27] Vào ngày 14 tháng 8 năm 2010, Harris thông báo mình và Burtka đang chuẩn bị có một cặp song sinh từ một người phụ nữ sinh hộ.[28][29] Đó là một bé trai tên là Gideon Scott và một bé gái tên là Harper Grace, cả hai được sinh vào năm 2010.[30][31]

Sau khi New York thông qua Đạo luật Bình Đẳng trong Hôn Nhân (hợp pháp hóa hôn nhân đồng tính) ngày 24 tháng 6 năm 2011, Harris và Burtka thông báo họ đã đính hôn trên Twitter,[32] khi họ đã đính hôn cùng nhau 5 năm trước nhưng giữ bí mật cho đến khi việc hôn nhân đồng tính trở nên hợp pháp mới tiết lộ.[33]

Harris và Burtka mua một căn nhà ở Đại Lộ Thứ Năm tại Harlem năm 2013.[34]